Vaikka vesijohtolaitos jatkoi toimintaansa koko sisällissodan ajan, suurin osa normaaleista toiminnoista oli keskeytyksissä. Vesijohtoverkon rakentaminen pysähtyi koko vuodeksi, eikä mitään putkitöitä tehty. Vuoden 1918 helmikuun alun ja huhtikuun 17. päivän välisenä aikana puhdistuslaitoksella ei suoritettu lainkaan kemiallista tai bakteriologista valvontaa.
Kun punakaarti otti vallan Helsingissä, vesijohtolaitoksen kaikki toimihenkilöt sekä konttorihenkilökunta jäivät pois tehtävistään. Muut työntekijät allekirjoittivat työväen komitean vaatiman sitoumuksen, ja vastuu laitoksen toiminnasta jäi nyt punaisille. Palvelukseen jääneet työntekijät huolehtivat, että laitos jatkoi toimintaansa, vaikkakin rajoitetusti.
Punaiset valitsivat keskuudestaan komissaarit johtamaan laitoksen toimintaa. Uusi johto korotti palvelukseen jääneiden palkkoja, ja monet saivat uuden työtehtävän tai aiempaa paremman aseman.
Paluu vanhaan johtoon ja palkkoihin
Kun valkoiset valtasivat Helsingin huhtikuussa 1918, vanha johto palasi laitokselle. Osa johtotehtävissä tai huomattavan korkeaa palkkaa nostaneesta henkilökunnasta erotettiin. Toisille palkankorotuksia saaneille työntekijöille määrättiin työhön paluun ehdoksi, että heidän on maksettava takaisin jo saamansa ”ylimääräinen palkka”. Kaikki työntekijät myös velvoitettiin tekemään alkajaisiksi 10-tuntista työpäivää.
Laitoksen johtaja Albin Skog sanoi ensin neljän vesijohtolaitoksen työntekijän ottaneen jollain tavoin osaa punakaartin toimintaan. Myöhemmin hän kuitenkin ilmoitti, ettei kukaan vesijohtolaitoksen henkilökuntaan kuuluneista ollut liittynyt punakaartiin ja asettui julkisesti puolustamaan muutamia pitkäaikaisia työntekijöitä, jotta he saisivat työpaikkansa takaisin.
Kaikkiaan vesijohtolaitos selvisi sisällissodasta kohtuullisin vaurioin. Suurin osa henkilökunnasta pääsi palaamaan takaisin entisiin tehtäviinsä ja puhdistuslaitoksella palattiin pian totuttuun arkeen. Tosin edelleen riehuneen ensimmäisen maailmansodan vuoksi kemikaaleista oli kova pula eikä veden puhdistuksessa ylletty samalle tasolle kuin aiemmin.
