Vuoden 1939 syksyllä ylimääräiset kertausharjoitukset keskeyttivät Vanhankaupungin vedenpuhdistuslaitoksen laajennustyöt. Urakoitsijan työväki lähti kertaamaan ja laitoksella ryhdyttiin rakentamaan väestönsuojia henkilökunnalle.
Talvisodan aikana 44 vesijohtolaitoksen työntekijää kutsuttiin asepalvelukseen. Helsingin väestönsuojelutehtävissä toimi noin 50 laitoksen työntekijää.
Talvisodan käynnistyttyä sekä Vanhankaupungin saostusaltaat ja tärkeimmät rakennukset että Alppilan vesisäiliö naamioitiin venäläisten pommikoneiden harhauttamiseksi. Naamiointiin käytettiin vihreää kattohuopaa ja kuusia, joita sijoitettiin rakennusten katoille. Alppilan säiliön muotoa peitettiin maahan vinoon vedetyillä teräsköysillä, joihin kiinnitettiin kuusia. Joko naamiointi toimi tai onnea oli mukana, sillä vesilaitoksen kohteet saivat vain vähäisiä osumia. Kiireellisiä toimenpiteitä aiheuttivat enimmäkseen miinapommit, jotka rikkoivat vesijohtoja, sulkuventtiilejä ja paloposteja.
Ilmahälytys ei pysäyttänyt korjausryhmää
Vesijohtolaitoksen korjausmiehistö oli jaettu kolmeen piiriin, joiden kesken jaettiin 20 aluetta. Jokaisessa piirissä oli mukana insinöörin tai putkimestarin johtamana aluksi kuusi- ja myöhemmin yhdeksänmiehinen ryhmä. Näiden lisäksi myöhemmin perustettiin vielä erikoiskorjausryhmä. Jokaisella ryhmällä oli käytössään auto sekä tarvittavat avaimet vesijohtojen sulkemiseen.
Kun tieto vaurioista tuli, ryhmä meni ilmahälytyksestä piittaamatta välittömästi paikalle ja sulki vesijohdon. Poikkeustapauksissa korjaustöihin ryhdyttiin saman tien, mutta yleensä korjausryhmä odotti, kunnes ilmahälytys oli ohi.
Rikkihappoa raakaveteen
Vuonna 1941 Helsingin vedenkulutus oli lähellä suodatinlaitoksen maksimikapasiteettia. Jatkosodan syttymisestä huolimatta Siltasaarella aloitettiin suodatinaseman laajennustyöt ja myös putkiverkon rakentamista jatkettiin.
Vedenpuhdistuslaitoksella päänsärkyä aiheutti veden kirkastamiseen tarvittavan alumiinisulfaatin puute. Sitä tai korvikeainetta ei Saksan kaupunkien pommitusten vuoksi Suomeen saapunut, ja Ruotsin valuutan puute oli aiemmin estänyt sen hankinnan naapurimaasta. Vuonna 1944 kemikaalia ei saatu Suomeen juuri lainkaan.
Alumiinisulfaatin vaikean saatavuuden ja korkean hinnan vuoksi puhdistuslaitoksella ryhdyttiin käyttämään rikkihappoa alumiinisulfaatin ohessa veden kirkastamiseen. 92–93-prosenttista happoa käytettiin silloin, kun veden alkaliteetti eli kyky neutraloida happoja oli suhteellisen korkea ja humuksen määrä verraten vähäinen. Rikkihappoa käytettiin vuoden 1944 aikana 86 000 kiloa, ja sen käyttöä jatkettiin aina vuoteen 1948 saakka.
Onnea ja menetyksiä
Helsingin vedenjakelussa ei ollut pitkäaikaisia tai merkittäviä ongelmia talvi- ja jatkosodan aikana. Kaupunki autioitui ja vettä kului sota-aikana paljon aiempaa vähemmän. Myös puhdistuslaitoksen ja putkiverkon laajennustöitä pystyttiin edistämään, vaikka etenkin jatkosodan loppuvaiheessa putkimateriaalista oli kova puute.
Onneakin oli mukana. Jatkosodassa Vanhaakaupunkia pommitettiin useampaan otteeseen, mutta vesilaitoksen rakennukset selvisivät pommituksista ilman mainittavampia vaurioita.
Sodan aiheuttamat materiaalivahingot jäivät pieniksi, mutta kaikki eivät palanneet rintamalta kotiin ja töihin. Vesijohtolaitoksen palveluksessa olleista kaatui kahdeksan henkilöä ja yksi jäi kadoksiin. Vuonna 1945 laitoksella oli kaikkiaan 251 työntekijää.
